柯南在没有新一的身份下,开始重新适应他的生活。他在学校认识了新的朋友,每天和灰原一起破解新的案件。尽管他们现在是高中生,但他们的友情却变得更加坚定。柯南还偶尔和毛利兰一起玩耍,虽然她已经是新出老师的妻子,但柯南仍然对她心怀感激和爱意。他也时常想念着父亲工藤优作和母亲工藤有希子,但他知道这些都只能留存在回忆里。柯南想起了自己曾经的承诺,要找到组织的真正身份,为工藤新一平反。因此,他决定继续和灰原一起寻找线索,但是这一次,他们已经不再是柯南和灰原,而是工藤新一和灰原哀。在一次次的努力后,他们终于发现了关键的线索。原来,组织的首领正是小兰的新出老师。他为了报复当初被工藤优作抓捕的耻辱,决定利用小兰的父亲作为帮凶,企图毁灭工藤家族。柯南和灰原决定和这个恶人决一死战,为工藤家族正名。经过一番激烈的追逐和激战,新一和灰原终于战胜了敌人,带着组织的真相回到了警察局。这一切的一切终于结束了,工藤新一的身份也得到了平反。他可以重新拥抱自己的父母,和小兰一起过着平凡而幸福的生活。从此以后,柯南和灰原再也没有服用过任何解毒药。他们继续以侦探为事业,一起解决各种各样的案件。而小兰和新一的爱情故事,也终于有了一个美好的结局。虽然回到过去的身份已经不可能,但是柯南对于现在的生活感到满足。他学会了珍惜身边的所有人,享受每一天的生活。他也明白,时间并不是重要的,重要的是他们的友情和爱情,永远不会改变。最后,柯南和灰原站在阳光下,展望着未来。他们相信,无论发生什么,他们都会一起面对,一起解决。因为他们是最好的搭档,也是最亲密的朋友。这就是柯南和灰原的故事,一部充满友情和爱情的故事。