《黑狼行动之迷你侠》讲述了主人公阿强(张强饰)的励志故事。据说阿强出生时,小山村上空电闪雷鸣,赋予了他超能力,但也让他身高永远不足一米。在阿强与青梅竹马阿娟(欧宇宁饰)结识的艺术学校,两人相依练舞直到阿强离开山村。
然而,阿强的生活在他所在的剧组遭遇黑狼(时晓飞饰)的破产后受到影响,他开始了漂泊的生活。在逃亡过程中,阿强被伪装成道具师的特警教官三哥(张琼饰)救下并收留。同时,阿娟也成为一名警察,在潜入黑狼的身边寻找犯罪证据和病毒芯片。
阿强与阿娟在黑狼投资的电影片场相遇,由于一系列误会,阿强意外得到了储存了制作变异病毒方程式的芯片,并成为黑狼追杀的目标。黑狼发现阿娟和三哥的真实身份后,绑架了阿娟来勒索芯片,面对重重危机,三人陷入绝境。