T近日,发生了一系列杀人事件。在东京、大阪和京都,有5人被神秘的黑影人用刀和弓箭杀害,死者都是出没于这3个地方的偷盗集团“源氏萤”的成员。警方介入调查,发现这个集团有8名成员,他们相互称呼为义经的家臣名字,并且持有一本叫作《义经记》的书,而这本书也是被害人手中的物品之一。
一天,京都的山能寺收到了一封奇怪的信,信中提到如果能解开附带的画谜,就可以找到8年前被窃的如来佛像。毛利小五郎带着柯南和小兰来到这座寺院,但是他们都无法解开画谜的谜题。被杀者中的一人曾经是服部平次的朋友,服部因此也来到京都调查案件,并且希望能找到自己的初恋情人。柯南和服部一起调查时发现,有人想要置服部于死地,随后“源氏萤”的另一成员也被杀害,一切似乎都与画谜有关。