在二十世纪中叶,日本普通家庭出身的杉原千亩(唐泽寿明饰)以出色的语言天赋和情报分析能力进入了日本外务省,并被派往伪满洲国外交部工作。由于他的实力和才华在工作中得到了完美的展现,杉原千亩也被苏联视为“不受欢迎的人”。1939年,杉原千亩被调派到立陶宛大使馆,负责监视欧洲各大国的动向。没过多久,德国发动了对波兰的闪电袭击,第二次世界大战的残酷战争开始了。由于种族清洗的残忍,成千上万的犹太人成为无家可归的难民,他们扶老携幼,寻找生路。终于,他们涌向日本驻立陶宛大使馆,希望杉原千亩能发放过境签证,帮助他们逃离战火。但由于日本与德国的同盟关系,日本拒绝了难民的请求。在国家利益和人性的冲突中,杉原千亩做出了重大的决定。