在不久的将来,科学家们发明了一种可以窥探人类大脑世界的MRI扫描仪。警方利用这一扫描仪可以从死者临终前看到的影像中追查线索。一个名为科学警察研究所法医第九研究室的机构就是利用MRI扫描技术来进行研究的。主角是“第九”室长薪刚(由生田斗真饰演),他曾经见过一个堪称地狱般的罪犯的大脑。有一天,新来的研究员青木一行(冈田将生饰)被分配到了“第九”,他很快接触到了一桩诡异的案件。一名男子因涉嫌杀害全家被判处死刑,薪刚和青木一行在研究死刑犯露口浩一(椎名桔平饰)的大脑时,意外发现案件中失踪的女儿露口绢子(织田梨沙饰)居然挥舞着刀子刺向家人。随着连锁事件的发生,调查的目标逐渐指向了“第九”的禁忌之地——贝沼事件。此前,薪刚的好友铃木(松坂桃李饰)就因为贝沼事件而死去,而现在黑暗的秘密逐渐浮出水面。本片改编自清水玲子在1999年至2012年期间连载的同名漫画。