在忍之谷附近的一个山洞,发现不明物体似向某个地方传达讯息。另一边,在疾风流忍术学校的忍风馆,馆长日向无限斋为应付500年一次的忍术比试,开始教导众学员。突然发生地震,结界被破坏,宇宙忍群邪神者出现,并将所有疾风流学员杀光。幸好无限斋的女儿胧把残存的三名学员鹰介、七海及吼太救出,并任命他们成为传说中的继承人忍风战队。邪神者为了得到“那个”,忍风战队便阻止他们。在战斗期间,两名神秘战士自称为轰雷者,原来是另一派迅雷流生还的霞兄弟。但是他们憎恨疾风流,并以他们为敌。为了达到邪神者的目的,不断刁难忍风战士。后来,他们意识到自己被利用,心存怨恨,但也得到鹰介三人的理解。最终,两大流派联手对付邪神者,并成功消灭其中一名宇宙忍者。五位忍者战士受了中忍一击,生命垂危,接近死亡边缘。这时,绿之光弹手里剑者及时出现,救活了他们。在他们的帮助下,忍风战队最终击败了邪神者,保卫了忍之谷和世界的和平。忍风战队们也意识到,只有团结一心,才能战胜任何敌人。最后,他们发誓会永远守护和平,继续传承忍术的精神。