在三国时期,战争蔓延。年轻的华佗在家乡亳州为百姓治病,过着自由自在的生活。他治好了太守女儿明心的病,赢得了神医的声誉,也与明心结下了不解之缘。为了制作麻沸散来治疗明心的眼疾,华佗开始四处寻药。在都城,他遇到了英雄关羽、奸雄曹操和师兄吴思德,见识了官场的险恶和人情冷暖。最令华佗痛心的是,心爱的明心被吴思德掳走。在东吴山中,经过隐士的指点,华佗开始觉悟,立志成为一名医者,治愈众生的大医。在赤壁大战中,他用刮骨疗毒的方法,历经危险。虽然风雨不断,但他从未改变拯救众生的初心。经过艰苦的努力,麻沸散终于研制成功,华佗和明心的爱情也终于有了美好的结局。然而就在幸福降临之际,曹操因病、因疑、因恨将华佗抓走,这位行医济世、治愈万民的大医最终在囚牢中逝去。