鹿目圆是一名普通的中学生,她是一个性格温和又充满爱心的好孩子,有着一个美满的家庭。她的生活一直都很平静,直到转学生晓美焰的出现。晓美焰是一个性格酷酷,体弱多病的黑长直少女,似乎对小圆有着难以言说的秘密。小圆的命运也因此改变了。一天,她在路边救下了一只伤痕累累的奇怪动物,名叫丘比。丘比可以说人类的语言,并提出与小圆签订契约成为魔法少女,肩负与魔女战斗的使命。作为回报,丘比可以实现她们任意的一个愿望。但是随着战斗的进行,小圆发现魔法少女并不像故事中描绘的那么美好,而是有着牺牲的可能性。随着战斗的升级,一个关乎她自己的残酷真相也逐渐浮出水面。小圆开始怀疑自己是否真的能够承担这样的使命,同时也开始思考着自己到底想要的是什么。