地球不仅仅是人类的领地,实际上还居住着1500名外星人。星际移民局负责处理与外星人有关的事务。
普通警官爱德华兹(威尔·史密斯饰)偶然加入了这个组织,成为代号为J的MIB成员。从此,他没有名字,也没有身份,成为特警K(汤姆·李·琼斯饰)的搭档。
J遇到的第一个任务是处理虫族的入侵。一名亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害,带有“银河系”——宇宙次原子能源的重要物品失踪。如果虫族找到它,将对亚基伦人造成毁灭性的打击。亚基伦人发出最后通牒,要求在一个小时内交出“银河系”,否则将摧毁地球。
为了保护地球的安全,K和J不得不挺身而出。