在2029年,世界已经变成了高科技和信息化的社会。犯罪活动也随之变得高科技,为了对抗这种犯罪,公安局建立了专门的部门——公安9课。草薙素子作为一位全身义体化的女警,领导公安9课开展各种行动。
一次,公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的问题,不料却被卷入了一个涉及政府阴谋的黑客犯罪事件,而这位黑客被称为“傀儡师”。当行动陷入僵局时,傀儡师突然出现在公安9课面前,素子和她的战友们不知不觉间被卷入了一场危险的阴谋之中。
这部作品是根据1995年动画电影《攻壳机动队》改编,并完全重制了画面。