健一和海伦都是父亲是海洋学者。一天,他们和父亲一起目睹了一架神秘的飞行物体降落在海中。他们驾船前往现场,却突然被海底发出的光束吸进了宇宙飞船里。他们发现自己来到了一个陌生的地方,原来是宇宙飞船内部。宇宙飞船上出现了一位名叫“吉格拉”的外星女性,她自称来自吉格拉星,为了证明他们强大的科学力量,她在东京制造了一场13级的大地震。在这场史无前例的大灾难中,吉格拉星人要求地球人投降。吉格拉星人生活在海中,但因为环境污染而不得不寻找新的家园。他们发现地球有一片美丽的海洋,于是决定占领地球并把人类当作食物。健一和海伦设法从宇宙飞船上逃脱,但吉格拉星人也跟随他们来到了地球。与此同时,受到盖美拉的火焰攻击的宇宙飞船爆炸了,飞向海底。盖美拉急忙来到地球,与吉格拉星人展开了一场激烈的战斗。