宇宙纪元0087年,地球的战火正在加剧。在联邦军和反地球联邦组织“维克多”之间的内战中,克瓦特罗(夏亚)掌握了维克多的指挥权,而“木星回来的男人”夏洛克则试图控制联邦军。同时,欲复兴“扎比家族”的吉恩残余勢力“阿克西兹”的领导者哈曼·可昂也加入了战局。在这三股势力之间,政治和军事手段交织,战争局势正朝着最终的高潮——围绕改装成巨型激光炮的宇宙殖民地“格里普斯2”的争夺中前进。
战争的激烈也展现了人性的复杂。离开维克多并加入夏洛克的雷可亚,同时也被维克多的卡米尔等人吸引的萨拉。Z高达感受到了这些人的情感,它在战场上飞行。
最后,卡米尔终于了解了Z高达的真正力量。它不单单是一部机器,也能够传递人们的爱与恨。为了达成自己的愿望,卡米尔将与Z高达一起闯过绝境,向未来前进。