《命运之夜》的故事背景设定在现代。主人公麻生祗燐(能登麻美子配音)和她的助理咪咪(钉宫理惠配音)经营着一家名叫“麻生祗咨询”的事务所。因为食用了“时非果实”,燐保持着30岁的外表,但拥有永无止境的生命。一天,她遇见了名叫前埜光辉(桧山修之配音)的男子,并答应帮助他寻找失去的记忆。而在调查的过程中,他们发现一个名为青山制药狭山研究所的秘密组织。与此同时,一名名叫罗拉(大原沙耶香配音)的红发女子也突然袭击了燐,并一直试图杀死她。随后,神秘的白发少年艾伊柏斯(石田彰配音)以及所长山之边沙耶罗(田中理惠配音)相继出现在燐的身边,而接连发生的死亡事件也让她感到事情并不简单。在希腊神话中,命运女神诞下了七个女儿,她们能否逃脱自己的命运呢?