在北极,哥斯拉意外地从冰中出现,袭击核潜艇“海洋号”并摧毁北极的军事基地,开始向南行。与此同时,在太平洋制药公司,为了提高节目收视率,公司计划利用发罗岛上的魔神。樱井和古江两名宣传员前往发罗岛,发现岛上出现的魔神竟是金刚。他们将金刚带到日本,但运送金刚的船被日本政府拦截。就在这时,金刚突然从麻醉中苏醒,逃出运输船,游向日本,并在那须高原与哥斯拉首次对决。在第一回合中,哥斯拉利用放射火焰取得胜利,金刚被打败了吗?与此同时,自卫队正展开“火焰攻击大作战”,将汽油倒入河中并点燃,但哥斯拉竟没有直接渡过河流。然而,在高压电流面前,哥斯拉也无法突破,最终被吓跑了。另一边,逃脱的金刚面对阻挡哥斯拉的电塔时,轻易地冲破了障碍,更狂热地吃着美味的电流。金刚最终抵达市中心,并捉住樱井的妹妹作为人质登上国会会议厅。自卫队利用法罗岛细胞莓汁,展开“美味果汁计划”试图制服金刚,但这一计划似乎并未奏效。最终,日本政府决定采取最后的手段——逼迫金刚与哥斯拉进行最终的决战。这场决战将决定谁才是真正的最强怪兽。