《箱根怪奇杀人事件》讲述了主角西条拓己(吉野裕行配音)的故事。拓己是一个典型的废柴,性格胆小并缺乏责任感。他住在集装箱里,每天除了上课外都呆在家里玩网络游戏,对现实世界几乎完全没有兴趣。然而,在涉谷地区发生了一连串名为“NewGene”的猎奇杀人事件,被害者都遭遇了残酷的死亡。某天,拓己在网络聊天室里遇见了一个自称“将军”的神秘人物(代永翼配音)。这个神秘人物预言了下一起猎奇杀人案件的始末,并传来了现场血腥暴力的照片。起初,拓己不以为意,认为这只是恶作剧。但没过多久,将军所说的一切都成为了现实。为了弄清真相,拓己偷偷潜入了犯罪现场,遇见了浑身是血、眼神空洞的女孩咲畑梨深(喜多村英梨配音)。拓己认定她就是凶手,但不久之后,梨深又以昔日老友的身份出现在了他面前。谁才是真正的凶手?将军的真实身份又是什么?在现实与幻想之间,拓己不断做出生死抉择。