在千年一次的彗星之夜,小智、小遥和小胜心怀愿望,携皮卡丘展开新的旅程。在恩斯游乐场,他们遇见了魔术师巴特勒和戴安,一场令人惊叹的魔术表演也让小胜听到了呼唤声。那是千年沉睡中的神奇宝贝-基拉祈,它可以帮助人类实现愿望。为了让基拉祈苏醒,巴特勒请小胜做他的伙伴,果然,基拉祈从沉睡中醒来。小胜对基拉祈充满爱护,但是基拉祈只能停留七天就会消失。魔术师巴特勒为了自己的野心,抢走了基拉祈,想利用它来实现他的愿望。小智和小胜面临着巨大的挑战,要救回伙伴并阻止巴特勒的阴谋。他们能否成功?小胜与基拉祈的情谊又会面临怎样的考验?