这部电影是1986年版《变蝇人》的续集,于1989年拍摄。故事继续讲述第一部中的维尼卡怀上赛斯的孩子的情节,她在产下一个蝇蛹时被吓死。科研机关巴托工业园收养了这个蝇蛹,名叫马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹饰),由老板巴托先生(约翰·盖兹饰)抚养。巴托先生表面上对马丁照顾备至,实际上却将他当作研究对象,暗中监视并记录他的一举一动,希望了解他父亲生前的时空传送装置。马丁看起来普通人一样,但他却拥有惊人的生长速度和超人的智力。他与美女贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加饰)相爱,但是隐藏在他体内的变异染色体突然复活,让马丁面临着变成下一个“苍蝇人”的恐怖命运。