故事发生在一个海底的水族箱里,哈罗德是一条鱼,他有四个小孩,其中一个女儿叫伊莎贝尔。但是伊莎贝尔长得不好看,身上长满斑点,缺少鳞片,被其他鱼嘲笑。鱼群的领袖瑟斯顿命令哈罗德把伊莎贝尔藏起来,以免被人类发现,被丢进大海里。然而,伊莎贝尔还是被人类发现了,她和哈罗德被丢进了大海。海上突然发生巨大的风暴,水族箱里的鱼都掉进了大海,伊莎贝尔和哈罗德也失散了。伊莎贝尔遇见了一条叫艾普尔的鱼,结识了一群长相奇特的鱼,它们因为外表不完美而被同类排斥。在艾普尔的带领下,伊莎贝尔和这些鱼决定穿过火山,来到珊瑚礁寻找哈罗德。与此同时,哈罗德在海黄瓜卡尔的帮助下寻找女儿,但是没有找到,伤心欲绝,离开了鱼群。成功穿过火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德,还有一个意外惊喜,珊瑚礁女王竟然是伊莎贝尔的妈妈。一家人团聚在一起。