在很久以前,神秘的奇居子生物入侵了太阳系,导致人类无家可归,只能乘坐巨型飞船希德尼娅在宇宙中流浪,这已经持续了一千年。现在,希德尼娅的居民们已经有一百年没有遭遇奇居子的袭击了,但是他们仍然保持警惕,培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。有一天,住在地下的青年谷风长道被迫上到地面偷米,被人发现后,舰长决定让他成为第628期卫人驾驶员的训练生。在这里,他遇到了之前曾经见过一面的善良女孩星白闲、友好的第三性人科户濑伊扎那以及高傲固执的岐神海苔夫等人。不久,年轻人们外出执行采集任务,却突遇百年不见的奇居子。宇宙战争再次爆发,将持续下去。这部电影改编自贰瓶勉的漫画原作。