五年前,哥斯拉被埋入三原山,日本终于过了一段平静的时期。但是为了预防万一,自卫队决定利用哥斯拉的细胞制造抗核细菌(ANB),并将之前被摧毁的超级武器“Super_X”改造成“SuperX2”。然而,在此时哥斯拉在三原山里再次复活,引发关东地区的频繁地震。为了阻止哥斯拉,白神博士加入了ANB计划。同时,他还将哥斯拉细胞与女儿细胞及玫瑰细胞混合,制造了不死植物碧奥兰蒂。然而,在一次事件中,碧奥兰蒂被释放并巨大化。同时,三原山爆炸,哥斯拉再次现身,自卫队无法阻止其向东京移动。最终,“SuperX2”出战,使哥斯拉改变了移动方向。但是在激烈的战斗中,“SuperX2”最终被打败,而哥斯拉却朝着碧奥兰蒂的方向前进……