在宇宙空间站EGG3上,科学警备队队员光超一郎和不明宇宙人遭遇。这位自称为“奥特曼”的宇宙人告诉光超一郎,地球正面临各种怪兽和超自然现象的危机。然而,奥特曼无法长期在地球上生活,于是便借用光超一郎的身体,使二者合为一体。并且,他可以通过变身来使用“闪光之星”,帮助人类应对即将到来的各种危机。作为奥特曼系列的动画版,相较于特摄片,具有固有的优势。在这里,主角可以展现以往奥特曼无法完成的特技。同时,在一集中可以有多位奥特曼和怪兽登场,无需额外成本。此外,怪兽的设计师们不必再受限于“怪兽皮套需适应人类体型”的技术条件,创作力也得以释放。