调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉动贵文,遇到突然出现的蓝光后,遗传因子标准发生变质,变成凶恶的怪兽。他从防卫厅内的特殊机关BCST监视下逃走,音训从此消失。与此同时,航空自卫队F15J飞行员真木舜一为陪伴患病儿子辞去官职。在最后一次飞行中,他与红色发光体相遇。奇迹般生还后,真木转职成民航机飞行员。但BCST对他仍密切关注,甚至强制带走,在废工厂中监视他的身体。此时,行踪不明的怪兽THEONE又被某种东西吸引而回来。遭受THEONE袭击的真木经受住了考验,最终找到了他的使命。同时,水原沙罗担心真木的身体变化,决定与他一起面对未知的挑战。