故事发生在被天空之壁分为三区块的一个世界,这世界的名字叫《幪面超人BUILD》。这个世界上突然出现了来自《幪面超人EX-AID》世界的敌人怪人崩源体。这些敌人不应该出现在这个世界,但是却出现了。对于这些神秘的敌人,主角战兔毫无应对方法。
在这危机时刻,一位身体一半被金属覆盖的神秘男人出现。他自称为科学家,启动了巨大的机器,上空竟然出现了倒立的另一个世界。与此同时,EX-AID的世界也发生了同样的情况。
天空之壁的世界正逐渐坠落到EX-AID的世界,两个世界即将发生冲突并碰撞。距离世界末日的倒计时只剩下24小时。面对前所未有的危机,拯救人类的唯一希望就是那些战士。这一次,他们将面临比前作更大规模的战斗,展示前所未有的动作场面。同时,之前从未有过交集的英雄们终于相遇。他们将一起解开谜团,探寻这一连串事件背后的秘密。