在世界因为大灾难“第二次冲击”而陷入废墟之时,年仅14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡召唤至第3新东京市。然而,他却目睹了与军队激战的巨大生物“使徒”袭击的景象。在危急之中,特务机关NERV的葛成美里将他救下,并将其送往碇元渡所统领的NERV总部。但是,他的父亲却冷酷地命令他驾驶巨大人型机器人“EVA”与使徒作战。
虽然真嗣一度拒绝,但在见到重伤的替补驾驶员绫波丽后,他决定遵从父亲的指示。因此,从未接受过作战训练的真嗣,开始准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
整个世界的命运似乎都悬挂在这位年仅14岁的少年身上。而与“第二次冲击”相关的“人类补完计划”似乎也已经开始了。碇元渡似乎已经掌握了一切的答案,但他只是静静地观察着,仿佛一切都早就被写入了命运的剧本之中。