六起连环杀人案件发生在日本的七夕节即将到来之际。案件中的每个受害者身边都留下了麻将牌中的七筒以及一些奇怪的暗示。由于案件涉及范围广泛,各地警察局的侦探都聚集在东京警察局的专案组,共同研究案情。毛利小五郎也被邀请参加会议,柯南则偷偷听取了会议内容。后来,柯南偶然听到群马县警部山村操哼唱的童谣,意识到黑衣组织的成员混入了警察队伍中。在一次抓捕行动中,柯南遇到了假扮人质的Vermouth,得知一连串杀人案件与一张存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时,一个潜伏在警察内部的间谍偷走了工藤新一和柯南的指纹,这意味着新一的身份即将被揭穿,他和周围的人都面临着巨大的危险。