清朝国力渐衰,政府打压异己,同时也对少林寺下手。清廷利用少林叛徒石少锋等人围攻少林寺,导致少林弟子流散四方。少林大智禅师派出弟子云飞去保护反清义士并整顿寺院门户。云飞功夫学成,按师命下山后,在路上遇见谭小弟,二人得以结伴同行。恰逢一群义士被石少锋一伙袭击,众人被击毙。云飞和谭小弟得以幸免。杜清深知石少锋为人,分析出云飞的身份后,欲卖云飞以求功名。云飞进入石少锋的帐下,协助石少锋行事,期间结识了剑术高手江南浪子。原来江南浪子的妹妹就是因为石少锋而被害,他被云飞所言动,加入了反清义士的行列。云飞和谭小弟在石少锋的手下表现出色,很快便混得心安理得。但谭小弟并不是把心存杀机的云飞当作自己的兄弟,而是利用云飞进行各种计划。云飞很快发现了谭小弟真正的目的,但害怕被杀,只得服从谭小弟的吩咐。在石少锋的帮助下,云飞练成了独门绝技,并决意报仇。最终,云飞、谭小弟和江南浪子联手,计划诛杀石少锋。石少锋的左膀右臂杜清被云飞击毙,最终石少锋也死于谭小弟的剑下。反清义士得以重整旗鼓,少林弟子也得以回归寺院。少林寺再度恢复往日的荣光,弘扬武学大业。