在掌控日本国家未来的御前会议上,众要员商议着“SIMPLEPLAN”,计划猎杀SPEC持有者,同时提及了神秘的法蒂玛第三预言。数天后,政府执行猎杀计划的成员们在游艇上全部变成木乃伊。当麻纱绫和濑文焚流被委托调查此案,期间他们收到志村美玲的求救电话。他们来到未详系时,却遇到了濑文的前同事兼前恋人青池里子。当麻看到美玲,惊奇的发现已经死去的阳太/一十一居然活过来了,他携带当麻去见另一个预言中的重要人物。在阳太的挑衅下,人类和SPEC持有者之间的矛盾越来越激化。当麻身处两者之间,对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满疑问。玛利亚、白衣教皇和左手持火之剑的天使,这些预言中的关键人物们是否能解开这场危机的谜团?