在1999年,一颗巨大的不明物体坠落在地球上,后来证实是一艘外星人的宇宙船。为了修复它对地球环境造成的破坏,并掩盖事实,世界强国成立了统合政府,并把宇宙船改造成全长1200公尺的超大型主力战舰,命名为“马克罗斯”。然而,人类也经历了统合派和反统合派的分裂,在持续的战争中,马克罗斯仍在不断改装。十年后,在马克罗斯的正式下水典礼当天,在月球轨道附近发现了大规模的时空跳跃反应。马克罗斯上的主炮自动发射,击中了出现在月球附近的外星舰队的观测舰。为了不惹恼对方,统合军只好发动进攻,并让马克罗斯升空启航,以转移敌方注意力。一个年轻的一条辉在误打误撞下坐上了统合军的战机,卷入了战斗,并救出了一名外星女孩,从此他的命运也发生了改变。