公元2203年,在银河系中心附近发生了一场巨大的变故。从异次元断层中出现了另一个银河系,并在核恒星系附近与原始银河系发生了碰撞,导致许多恒星消失。古代進作为宇宙战舰大和的舰长,受到地球防卫军的命令前去调查。曾经的盟友德斯拉领导的加马拉斯帝国也遭受了毁灭性的损失。
与此同时,一颗从异次元断层中出现的水行星“水瓶座”游荡着穿梭在星际空间,淹没了丁吉尔星。大和号在从丁吉尔星救出一个少年后,前往地球,却遭遇了丁吉尔帝国的舰队的攻击,导致航行受阻。但是,在坠落过程中的冲击下,自动驾驶系统启动,大和号带着受伤的机组人员前往地球。
随后,地球从大和号带来的情报中确认了水行星的存在,并开始疏散各个行星和空间殖民地以避难,但是丁吉尔帝国的舰队采取了巧妙的战术,阻止疏散进程。大和号的机组人员正面对着巨大的挑战,必须想办法躲避水行星的碰撞,保存地球和整个银河系的命运。