在上一集中,爱丽丝救出了被冷冻的同伴们,众人在离开时却遭遇了雇佣兵的袭击。由于T病毒的影响,红皇后变得极其残暴,想要消灭所有人类。唯一能够阻止她的,只有爱丽丝。然而此时,爱丽丝却被保护伞公司囚禁在海底的秘密基地中。威斯克通过病毒入侵保护伞公司的系统,帮助爱丽丝逃脱,并告诉她,她是最后的希望。为了拯救人类,爱丽丝必须与过去的敌人威斯克联手。艾达王是保护伞公司的前员工,她和爱丽丝结下了深厚的友谊,一起讨伐敌人。另一边,爱丽丝的战友们也组成了小队,从外部突破防线。保护伞公司在海底建造了逼真的模拟城市,利用克隆人作为T病毒的实验对象。