这部动画片与日本的另一部汤姆索亚历险记并不相同。故事讲述哈克的父亲寻找他要的钱，发现哈克被道格拉斯寡妇收养并上学后，将他囚禁在一间小木屋中。哈克伪造自己被杀害的假象，逃离小木屋后遇见了吉姆。吉姆是道格拉斯寡妇妹妹的奴隶，逃离重苦的工作后来到了杰克逊岛。两人躲藏在岛上，但随后被搜寻者发现，于是乘竹筏逃往自由地带。在航行途中，竹筏与蒸汽轮船相撞，两人落入河中。哈克被一位富有的商人救起，但卷入纷争和枪击事件。最终他与吉姆在混乱中重逢。
不幸的是，他们又被两个骗子所利用：年轻的公爵和老国王。两人教哈克和吉姆到各城市去骗取钱财，或者耍宝愚弄乡民，或者发现某人死亡后到其家中诈骗。这两个骗子对哈克和吉姆残忍无情，直到两人意识到自己被利用。最终，哈克和吉姆决定逃离这两个骗子，重新开始自己的生活。