在未来的某个时代,昔日的繁华都市东京已经变成了一座死城,被称为世界上最大的幽灵城市,这是由于核电站事故导致的。然而,即便在这片死寂的废墟中,仍有一些人坚守在这里。20XX年,三名没有配备防辐射装备的少女出现在旧东京,她们分别是成濑荆、深作葵和野村妙子,她们是通过遗传基因改造生下来的,天生具有抗辐射能力,被称为“COPPELION”。在防卫大学附属特别工科学校的教官三岛鬼兵陆佐的指导下,少女们四处搜寻幸存者,他们经历了前所未有的艰难和挑战,体验了前所未有的情感。所有这一切,让少女们心中涌动着各种复杂的情绪。
这部电影根据井上智德的同名漫画改编,COPPELION少女们的姓氏都来自日本著名导演,普通人的姓氏则来自日本文豪作家。