剑心和他的朋友们来到横滨，在火车站遇到了一群骚扰女性的外国士兵。他们与士兵发生争执，但也因此结识了一位叫时雨泷魁的正直武士。时政局势仍然动荡，许多反抗明治政府的人不断发动袭击。时雨是领导这股“新维新”运动的人物，他曾是佐幕派的领袖，也是剑心的好友高槻严达的同伴。但高槻严达最终死在了拔刀斋剑心的手下，而时雨的好友朱鹭则是严达的女儿，她也是被剑心和他的伙伴们所救。造物弄人，让这些恩怨交错的人再次相遇。剑心得知真相后决定阻止时雨的袭击，但野心家田母野却想借机图谋不轨。在这样的情况下，剑心和他的伙伴们将如何应对这场危机？