自2001年9月11日起,全球各地发生了许多恐怖袭击事件,人类社会似乎一直在走向堕落和毁灭。2013年,一系列等级高于9·11的恐怖袭击事件在莫斯科、伦敦、上海、东京等国际大都市接连发生,世界局势面临巨大危机。岛村乔(宫野真守饰)是东京的一名少年,但他的真实身份是编号为009的人造人。他的使命是保护世界和平。然而,因为失去了以前的记忆,岛村乔无法独自完成这个使命。经历了一系列的挑战,他终于和他的伙伴们001伊凡·维斯基(玉川砂记子配音)、002杰特·林格(小野大辅配音)、003法兰索娃·阿尔达努(斋藤千和配音)、004艾柏特·海因利希(大川透配音)、005索罗门·索尼亚(丹泽晃之配音)、006张张胡(增冈太郎配音)、007葛雷特·布林顿(吉野裕行配音)重聚。这些拥有超人能力的伙伴们面临着前所未有的挑战。
这部电影改编自漫画家石之森章太郎的原作。