T近日，发生了一系列杀人事件。在东京、大阪和京都，有5人被神秘的黑影人用刀和弓箭杀害，死者都是出没于这3个地方的偷盗集团“源氏萤”的成员。警方介入调查，发现这个集团有8名成员，他们相互称呼为义经的家臣名字，并且持有一本叫作《义经记》的书，而这本书也是被害人手中的物品之一。
一天，京都的山能寺收到了一封奇怪的信，信中提到如果能解开附带的画谜，就可以找到8年前被窃的如来佛像。毛利小五郎带着柯南和小兰来到这座寺院，但是他们都无法解开画谜的谜题。被杀者中的一人曾经是服部平次的朋友，服部因此也来到京都调查案件，并且希望能找到自己的初恋情人。柯南和服部一起调查时发现，有人想要置服部于死地，随后“源氏萤”的另一成员也被杀害，一切似乎都与画谜有关。