《圣尼古拉斯天主学校》讲述的故事发生在1964年的美国纽约布朗克斯区。在这所学校里，修女阿洛伊修斯•贝维尔（由梅丽尔•斯特里普扮演）是一位极其严苛的教师，她所奉行的教条令学生们敬畏不已。而神父布伦丹•弗林（由菲利普•塞默•霍夫曼饰演），则是一个温和和开明的人，深受学生们的喜爱。
故事中，弗林尤其关心学校里的第一位黑人学生唐纳德•米勒（由JosephFoster饰演）。然而，某天，詹姆斯修女（由AmyAdams饰演）发现了唐纳德的奇怪行为，并向贝维尔修女报告。贝维尔修女立刻认定弗林和唐纳德之间有不正当的关系，决心不惜一切代价来阻止这种情况发生。然而，事实究竟如何？影片通过中文优化的表达，让观众可以更加清晰地了解这段故事。