《马德拉斯与玛格丽特》是一部充满神秘和惊险的动画电影。故事发生在卡萨索尼卡王国内战的战场上，由小林沙苗配音的马德拉斯是一个行踪隐秘的杀手，而由桑岛法子配音的玛格丽特是一位被养尊处优的大小姐，两人唯一的共同点是都失去了记忆，玛格丽特唯一记得的只有马德拉斯这个名字。一本神秘的绘本将玛格丽特带往卡萨索尼卡，引发了一系列事件。国际犯罪组织安纺也盯上了玛格丽特，并派出特务卡罗莎潜伏在她身边。在卡萨索尼卡，马德拉斯和玛格丽特最终相遇，决定共同寻找绘本的起源和隐藏的秘密。与此同时，马德拉斯和她的指导老师潘尼莎，揭露了安纺贩卖军火并企图引发世界大战的阴谋。