在二十世纪中叶，日本普通家庭出身的杉原千亩（唐泽寿明饰）以出色的语言天赋和情报分析能力进入了日本外务省，并被派往伪满洲国外交部工作。由于他的实力和才华在工作中得到了完美的展现，杉原千亩也被苏联视为“不受欢迎的人”。1939年，杉原千亩被调派到立陶宛大使馆，负责监视欧洲各大国的动向。没过多久，德国发动了对波兰的闪电袭击，第二次世界大战的残酷战争开始了。由于种族清洗的残忍，成千上万的犹太人成为无家可归的难民，他们扶老携幼，寻找生路。终于，他们涌向日本驻立陶宛大使馆，希望杉原千亩能发放过境签证，帮助他们逃离战火。但由于日本与德国的同盟关系，日本拒绝了难民的请求。在国家利益和人性的冲突中，杉原千亩做出了重大的决定。