在科学与魔术交叉的世界里，上条当麻在自己的阳台栏杆上突然出现了一个看起来像是被单挂在上面的少女。这样不现实的情节令他吃惊。尽管在这个城市——一个最先进的科学引导学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称为“茵蒂克丝”的少女还是让上条当麻感到惊恐。茵蒂克丝自称拥有十万三千本魔导书，因此被魔法师追杀。对此，上条当麻靠自己的超能力也确认了少女的魔法。茵蒂克丝以危险为由离开了上条家，而上条当麻依然像往常一样去学校学习。然而，当他放学回家时，却发现茵蒂克丝倒在了血泊中。现在，科学与魔术的交织，上条当麻与茵蒂克丝的故事就此展开。