在这部动画电影中，主人公吾郎和他的球队“三船海豚队”面对强大的对手“横滨少棒队”展开了一场激烈的比赛，最终获得了胜利。然而，吾郎为了保护球队而受伤了右肩。同时，他的父亲英毅也因为转会而带着吾郎离开了。吾郎来到了九州的学校，接受了当地棒球名校“博多南少棒队”的测试，但被告知不能再当投手。于是，他加入了球队，但没有得到队友的欢迎。
横滨输给了吾郎，佐藤寿也带领着“横滨少棒队”对战没有了吾郎的“三船海豚队”。佐藤寿也的一句话“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”激发了“三船海豚队”的斗志，他们决心要再次与吾郎相会。
最终，是“横滨”还是“三船”能够代表九州地区比赛，吾郎能否带领“博多南少棒队”取得胜利？这部电影展现了友情、信念、梦想和性格的重要性。