在某个圣诞夜，大量人群聚集在某栋大楼外抗议国家和库赞共和国合作的纯净水计划。与此同时，交通网络和电子系统遭到入侵，导致全面瘫痪，警察甚至开始使用枪支射击抗议者。在这紧急的时刻，公安九课少校草薙素子率领巴特和陀古萨等队员迅速采取行动，与恐怖分子和黑客展开激烈战斗。这支拥有强大个性和绝技的机动部队的故事发生在2027年6月的某一天。那时，陆军机密部队501机关中校真室被人谋杀，公安九课课长荒卷大辅在墓地与生化人草薙素子首次相遇。在荒卷的委托下，素子开始调查真相，并在这一过程中遇到了巴特等人。这是一段关于传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事，根据士郎正宗原作改编。