故事发生在1999年,那是一个不详的世纪末。这件事发生在一个位于深山中的私立学校,因为频繁发生灵异事件而被称为“超自然学院”。新任年轻而强势的校长,叫做神代玛雅(日笠阳子配音),开始了她的任职。神代完全不相信超自然力量的存在,她来这里的目的是为了调查她父亲里奇的死因。就在这样的情况下,她遇见了一位名叫内田文明(水岛大宙配音)的神秘男子。刚刚登场的内田,就说出了令神代吃惊的话,他来自未来的2012年!
这个看起来可疑的男子的话,能够相信吗?2012年的世界是什么样子的?一连串的意外事件让神代逐渐相信了内田的说法。内田究竟为什么要回到过去?这个原因也慢慢地浮出了水面。