又到了一个暑假，大雄、静香、胖虎和小夫组成一个小组，一起展开海洋探险之旅。在图书馆查阅资料时，大雄被《金银岛》这本书中精彩的故事吸引，突发奇想决定要出海寻找宝藏。正巧，南太平洋海域传来了发现宝藏的消息，哆啦A梦被大雄软磨硬泡后，也同意和大家一起去寻宝。小伙伴们相约在加勒比海的多摩斯小岛，然而，这次旅程原本充满乐趣，却发生了意外。小伙伴们遭遇时空错乱，不知不觉穿越到了17世纪。大雄被巨浪冲走，下落不明。哆啦A梦等人被一艘海盗船救下，却不慎丢失了一次元空间袋。
海盗船船长吉德正准备前往金银岛寻找失踪的哥哥和侄子。哆啦A梦他们跟着船长一起前往，却没有想到更大的冒险即将到来。