一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着普通的学生生活。然而，当他和弟弟罗洛一起外出时，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C重新签订契约后，尘封已久的记忆被重新唤醒。
鲁路修身为帝国王子，为了创造一个每个人都能平等生活、让妹妹娜娜丽幸福的世界，不得不使用GEASS的力量，强迫他人服从。他化身为假面人ZERO，带领黑色骑士团宣战帝国。然而，一年前的“东京决战”中，他被朋友朱雀击败，被帝国皇帝抹去了记忆。
如今，鲁路修恢复了记忆，却要面对弟弟罗洛的欺骗、妹妹娜娜丽的失踪、中华联盟的不明敌友、黑色骑士团内部的分裂。在内忧外患的情况下，鲁路修踏上了GEASS之力的诅咒——孤独的王之旅。