《忒修斯的船》是一部由三段看似独立但又有联系的故事构成的电影。在第一段中，一个盲人少女摄影师在失明状态下成功举办了个人影展，但在恢复视力后却无法再拍出灵感。第二段讲述了一位抵制动物实验的僧人因肝硬化而面临选择接受移植手术或是死亡，而手术的基础正是他所抵制的动物实验。第三段则讲述了一个原本只关心金钱的青年，在接受肾脏移植手术后偶然发现医院和社会上存在着肾脏交易和偷肾的行为，从而开始参与一些无关金钱的社会活动。最后，在电影结尾处，第三个故事的主人公受邀参加了一个特殊的影片放映会，参加者都是来自同一个器官捐献者的病人。他们一起观看了捐献者生前拍摄的岩洞探险视频，将那深邃的岩洞比作宇宙般神秘壮丽。无论是接受角膜移植的女孩还是肝脏移植的僧人，都出现在这个放映会上。