这部故事发生在一个虚构的世界中，被分成五个部分，包括人类居住的地球、诸神的红色世界、以理性和科学为主导的白色世界、充满魔法的黑色世界，以及崇尚武力和战争的绿色世界。这些世界长期互相掣肘，维持着微妙的平衡，但一次意外的事件却让它们都面临同样的毁灭命运。
为了阻止这场可怕的未来成为现实，拥有“Excceed能力”的少女们挺身而出，并被送往名为青兰学院的学校接受训练和保护。率真直率的彩城天音（由田村由加莉配音）、沉默寡言的苍月纱夜（由寿美菜子配音）、优雅高贵的阿尔玛利亚（由原由实配音），在校园里相遇。这些少女们的命运都十分相似。