水神共工和水神祝融为了争夺人间的主导权，发动了一场大战。共工撞倒了支撑天空的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。
鲧受命治水，为了阻止洪水，偷了天界的土壤，结果被天雷击中死亡。他的尸体变成了一座大山，后来孕育了大禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，还有修行五百年的耳鼠，并救出了受伤的应龙。舜将禹等人带回都城，培养他们成才。正当洪水肆虐之际，舜不得不命令禹等人去治水。共工得知此事，率领一群妖神阻挠他们。
禹经过涂山时，遇见了女娇，心生爱意。但女娇却中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹决心与女娇结婚。在女娇变成石头前，魔咒被解除，她还将一把开山斧交给禹。无支祈大怒，抓走了禹的部下竖亥。禹救出了竖亥，并让无支祈被淹在了淮河。然后离开了女娇，前往黄河治水。共工早就在黄河和禹要去的路上设下了陷阱。经过许多艰难和失败后，禹最终找到了治水的方法——排除不如畅通，破解了共工的阻挠，解决了黄河的水患。就在禹要前往长江治水之时，共工再次出现，但最终被禹打败。最终，禹成功治理了长江的洪水，为人类带来了和平和安定。