《名侦探柯南：绯色谜案》是一部围绕赤井秀一展开的故事。赤井秀一是一名来到叶崖假死的FBI探员，他的身份谜团重重，每个人都有着复杂的背景。整个故事围绕着赤井秀一、世良真纯、羽田秀吉和玛丽等人展开，揭开了他们的个性以及彼此之间的关系。故事的高潮在于赤井秀一华丽复活的“绯色”系列。安室透是赤井秀一的宿敌，他从FBI那里得知了关于“线索”的消息，于是深入调查赤井秀一和冲矢昴之间的关系。在一系列智商高超的攻防战后，赤井秀一的回归给所有人带来了巨大的冲击。而在这一连串的“不在场证明剧”背后，都有着柯南的身影。该总集篇将彻底解剖赤井家族的行动轨迹，以及他们与柯南的关系。