二十世纪最后的夏天，人类终于发现自己并非地球上唯一的统治者。巨型生物“怪兽”和驱逐它们的终极存在“哥斯拉”降临。经过与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终决定逃离地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类登上跨恒星移民飞船“阿拉特拉姆”号，开始前往11.9光年之外的“鲸鱼座τ星e”。然而，他们所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，无法生存。在飞船上有一名年轻人——晴雄，他4岁时亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来，他一直梦想着回到地球，消灭哥斯拉。然而，面对现实，他和其他人开始寻求重返地球的方法。移民飞船内的生存环境也变得越来越恶劣，以晴雄为首的“重返地球派”逐渐壮大，决定通过危险的长距离亚空间航行回到地球。然而，地球经过2万年的演化，已经形成了一个完全未知的世界，以哥斯拉为顶端的生态体系统治着整个星球。最终，人类的命运将会如何？一切都将会揭晓...