01柯南、灰原和少年侦探团队成员步美、光彦和元太，这一天他们露营结束后，绕道参观日本第一双塔摩天大楼，这座大楼新建于富士山前。柯南的父亲毛利小五郎也应邀参加了开幕典礼，他的学妹常盘美绪是这座双塔的所有者。美绪向大家介绍了一些人，他们是画富士山闻名的画家如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计师风间英彦和天才程序员原。在参观的过程中，灰原举动异常。
警官目暮开始调查大木提前入住的B塔被害案件，发现他和美绪似乎有不同寻常的关系。不久之后，原也被发现死在家中。现场留下了与日本画家用的乳钵相似的小酒杯的碎片，看起来，这两起案件都是同一个人所为。柯南注意到灰原曾经效力的以酒名命名的黑暗组织，而且第二起案件的小酒杯碎片上没有血迹。与此同时，灰原被人跟踪。园子还开玩笑说灰原的发型和雪莉（灰原）很相似。
在开幕酒会上，美绪向来宾介绍了众多嘉宾，还提到了她的妹妹常盘雪莉。柯南开始怀疑雪莉就是现在的灰原，因为灰原曾经给他发过一张雪莉的照片。随着调查的深入，柯南发现雪莉并不是灰原，原来灰原一直在调查与如月峰水相关的案件，她的真正目的是保护峰水。最后，柯南和毛利小五郎揭开了这两起案件的真相，并将凶手绳之以法。灰原也得以解开心中的谜团，重新回归小兰的身边。